Suite à l'approbation du Parti communiste du 16 avril 1962, l'OKB-1 décide de sa lancer dans la conception d'un nouveau vaisseau spatial. Cet engin de deuxième génération est officiellement baptisé « 7K », mais tout le monde à l'OKB-1 l'appelle Soyouz. Il reprendra les concepts qui avaient été développés pour les avant-projets Sever et 1L.

Ainsi, la configuration à trois modules et la capsule de rentrée en forme de phare automobile  sont conservées. Un équipage de deux cosmonautes devra pouvoir y prendre place, et des débats font rage quant à sa taille.

Certains ingénieurs avaient prévu de lui donner un diamètre de 2,2m (2,3m en comptant la protection thermique) mais Konstantin FEOKTISTOV insiste pour la réduire à 2m, afin de réduire sa masse. Sergueï KOROLIOV et bien d'autres ne sont pas d'accord, car ils pensent que cela serait beaucoup trop inconfortable pour les cosmonautes. Au cours d'une réunion, le constructeur principal définit sur le sol une zone de 2m et demande à l'un des ingénieurs partisan de la réduction d'y passer le reste de la réunion.

Malgré cette expérience, l'ingénieur en question maintient son opinion et il aura finalement raison : le diamètres de la base du module de descente est fixé à deux mètres. En août 1962, KOROLIOV pense pouvoir faire voler le premier Soyouz dès le mois de mai 1963, ce qui est un objectif extrêmement ambitieux.

A côté de cela, les 11 et 12 août 1962, les cosmonautes NIKOLAÏEV et POPOVITCH réalisent ce que les Soviétiques appellent le « premier vol groupé de l'Histoire ». En réalité, leurs vaisseaux Vostok-3 et Vostok-4 sont sur des orbites relativement proches, mais ne disposent absolument pas d'une capacité de rendez-vous en orbite.

Le Conseil des Ministres se réunit le 16 novembre 1962 et aborde les questions spatiales. Il est convenu qu'il vaut mieux ne pas perdre de temps en poursuivant le programme Vostok, et qu'il est préférable de se lancer dans le projet Soyouz. Le problème, c'est que les vols seront interrompus pendant près de deux ans, et que cela permettra aux Etats-Unis de prendre de l'avance dans la « course à l'Espace ».

Mais tout le monde en URSS ne partage pas ce point de vue. Le 6 décembre 1962, la très puissante Académie des Sciences recommande d'effectuer au cours des années 1963 et 1964 d'effectuer pas moins de douze vols Vostok et de quatre à six vols Soyouz simultanément ! Sur le plan technique, tout ne se passe pas comme prévu du côté du système d'amarrage, dont la réalisation s'avère particulièrement complexe.

En décembre 1962, KOROLIOV remet aux autorités son rapport d'avant-projet concernant le programme Soyouz. Afin de s'attirer les faveurs des militaires, il y a inclut des versions  Soyouz-P et Soyouz-R de reconnaissance et d'interception.

Un plan réactualisé de conquête lunaire est entériné le 24 décembre 1962. Le complexe utilisé comprendra un vaisseau 7K (Soyouz A), un étage de propulsion appelé 9K, ou Soyouz B, et un étage réservoir baptisé 11K, ou Soyouz V (rappelons que A, B et V sont les trois premières lettres de l'alphabet cyrillique).

Une réunion des responsables militaires le 21 janvier 1963 valide le concept de train lunaire 7K/9K/11K. L'objectif prioritaire est de réaliser un amarrage en orbite. Le premier vol devrait intervenir au second semestre 1964, soit dans plus d'un an et demi.

KOROLIOV insiste pour ne pas utiliser de scaphandres car il pense que les systèmes du vaisseau seront suffisants pour assurer la sécurité de l'équipage. Il signe la version finale du projet Soyouz le 7 mars 1963. Deux semaines plus tard, le 21 mars, les constructeurs principaux se réunissent pour échanger leurs points de vue. TCHELOMEÏ, GLOUCHKO et KELDICH apportent leur soutien à KOROLIOV.

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