Le 14 janvier 1966, Sergueï KOROLIOV décède sur la table d'opération. C'est une immense perte pour le programme spatial, et pour l'Union soviétique en général. Deux mois plus tard, le vaisseau américain Gemini VIII réussit à s'amarrer au véhicule inhabité Agena. En mai, Vassili MICHINE est nommé à la tête de l'OKB-1, qui a au passage été rebaptisé TsKBEM.

Les plans sont toujours extrêmement optimistes et le premier vol de Soyouz est programmé pour le mois d'août. Pour atteindre cet objectif, tout le monde travaille d'arrache pied. Les essais statiques et dynamiques se succèdent à un rythme effréné. La séparation des compartiments, de la coiffe, le comportement thermique, les systèmes de survie, les moteurs, le système d'amarrage, la tour de sauvetage, le système d'atterrissage : tout est passé au crible afin de garantir une sécurité maximale dès le premier essai.

Le premier exemplaire du 7K-OK commence ses essais au sol le 12 mai 1966. De nombreux problèmes apparaissent (les ingénieurs en recensent 2 123), et leur résolution prend quatre mois. Le système d'atterrissage par parachutes connaît beaucoup de difficultés : deux des sept largages effectués depuis un An-12 au-dessus de Feodosia sont des échecs.

Le 25 juillet 1966, Gaï SEVERINE, responsable de la conception du scaphandre Yastreb, informe KAMANINE que le TsKBEM a insisté pour que l'écoutille ait un diamètre de 66cm. Or, la taille minimale qu'il peut donner à son scaphandre est de 70cm. un problème se pose donc, et KAMANINE répond que même si l'écoutille peut être agrandie, ce ne sera que pour les vols ultérieurs, car modifier les exemplaires déjà assemblés prendrait trop de temps.

Le lendemain, 26 juillet, cosmonautes et responsables se rencontrent et visionnent un film tourné à bord d'un avion parabolique qui met en évidence les difficultés que pose l'étroitesse de l'écoutille. MICHINE admet l'erreur, et annonce qu'à partir du vaisseau n°5, le diamètre passera à 72cm. Mais les systèmes de survie ne devront pas être installés dans un sac à dos, mais arrangés autour de la ceinture, afin de permettre plus de manœuvrabilité.

Une nouvelle réunion se tient le 5 août 1966 à l'Institut de Recherche en Vol du Ministère de l'Industrie Aéronautique (LII MAP, c'est là qu'est basé le Tu-104 « parabolique »). Une nouvelle dispute éclate : MICHINE refuse catégoriquement de toucher au diamètre de son écoutille, mais SEVERINE finit par accepter de modifier son scaphandre Yastreb en plaçant les systèmes de survie autour de la taille.

Au passage, les hommes des Forces aériennes et du TsKBEM décident que les deux premiers vaisseaux seront commandés par KOMAROV et BIKOVSKI.

Quelques jours plus tard, le 10 août 1966, le programme prend encore du retard. Il est en effet décidé que les deux premiers Soyouz (inhabités) ne seront lancés qu'au mois d'octobre. Les premiers vols habités interviendront, quant à eux, au premier trimestre 1967. En tout cas, les deux premiers vaisseaux sont livrés à Baïkonour en août 1966.

De nombreux problèmes de gestion sont également soulignés, et la pression politique que les ingénieurs subissent n'arrangent rien. L'entraînement des cosmonautes est lui aussi rendu difficile par les retards de livraison de la chambre à vide TBK-60 et du simulateur d'amarrages Volga.

Le 30 septembre 1966, une « Commission d'Etat pour les essais en vol du vaisseau Soyouz » est mise sur pieds, dirigée par le général Kerim KERIMOV. La désignation de ce dernier reflète l'intérêt décroissant que le Kremlin porte au programme spatial, car tous les précédents présidents de Commissions d'Etat étaient des Ministres ou des Ministres adjoints.

La Commission Militaro-industrielle (VPK) se réunit le 27 octobre 1966 pour discuter du calendrier du programme Soyouz. Les personnes présentes s'accordent à dire qu'étant donné le degré de préparation des matériels de vol, le lancement du premier vaisseau ne pourra pas avoir lieu avant le 20 novembre.

Le premier vol habité, quant à lui, ne sera envisageable qu'à partir du 10 janvier 1967. OUSTINOV demande quand même que tout soit mis en œuvre pour être prêt à l'effectuer dès le 20 décembre 1966. Rappelons qu'à ce stade, aucun cosmonaute n'a encore été désigné pour les postes d'ingénieur de bord. Un problème d'entraînement va donc se poser.

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