Le 30 décembre 2008, Youri LONTCHAKOV rétablit l'accès au vaisseau Progress M-01M, qui avait été condamné pour permettre l'utilisation de Pirs pour la sortie dans l'Espace.

Le lendemain, il inspecte visuellement l'expérience EXPOSE-R, qui n'envoyait aucune télémétrie lors de son installation. Il utilise un ohmmètre pour vérifier les connections entée/sortie, mais il ne détecte aucun problème. De nouvelles investigations laissent penser que certaines connections sont défectueuses à l'intérieur du boîtier.

D'autre part, la sonde Langmuir que les cosmonautes ont installé lors de leur sortie n'envoie aucune donnée au TsUP, bien qu'elle semble fonctionner correctement. Une deuxième sortie à la fin janvier pourrait être nécessaire.

Le 8 janvier, Sandra MAGNUS commence à installer le second Crew Quarter du module Harmony. Pendant ce temps, Youri LONTCHAKOV transfert de l'eau des réservoirs de
Progress M-01M dans ceux de Zvezda.

Les moteurs KD1 et KD2 du module Zvezda sont allumés le 14 janvier 2009 à 18h05 GMT pendant 142,3s, donnant à la station un ΔV de 3,1m/s. L'altitude moyenne est rehaussée de 5,8km, et elle est maintenant de 357,9km.

Mais tout ne se passe pas lors de cette manœuvre. Les ingénieurs russes et américains observent de très fortes oscillations (avec une période d'environ 2s) de la structure de la station pendant toute la durée de la combustion. Les cosmonautes sont également à même de ressentir les très violentes vibrations. Les ailes solaires de la station oscillent cinq fois plus fort que ne le permettent les normes de sécurité.

Il semblerait que le TsUP ait mal configuré le système d'orientation des moteurs KD1 et KD2. Ceux-ci sont montés sur des cardans, ce qui leur permet d'orienter sensiblement la direction de la poussée qu'ils fournissent.

Suite à l'erreur de programmation, ils ont changé leur orientation pendant toute la combustion, et il se trouve qu'ils l'ont fait à une fréquence égale à l'une des fréquences de résonance de la station.

En attendant d'éclaircir ce problème, la prochaine correction, prévue le 4 février, est reportée. Comme elle devait permettre d'aligner la station pour les lancements de Soyouz TMA-14 et Discovery STS-119, les dates de ces lancements sont menacées.

Le 17 janvier, le système GPS (appelé ASN NVM 1) de Zvezda tombe en panne. Sur un total de quatre NVM (Navigation Computer Module), celui-ci est le troisième à ne plus être opérationnel, et il n'y a donc plus de redondance. Comme les NVM ne sont utilisés que pour les amarrages des vaisseaux européens ATV, il n'y aura pas de conséquences immédiates sur les opérations.

Le scaphandre Orlan-M n°25 est arrivé au terme de sa vie opérationnelle, et le 19 janvier Youri LONTCHAKOV le prépare pour qu'il puisse être installé dans Progress M-01M. D'ailleurs, comme ce vaisseau va bientôt quitter la station, le cosmonaute russe s'occupe de démonter son système d'amarrage StM (le 21 janvier).

Le 22 janvier, l'équipage se livre à une simulation de retour sur Terre dans le Soyouz TMA-13. Six jours plus tard, le 28 janvier, LONTCHAKOV passe plusieurs heures dans le vaisseau pour remplacer le ventilateur BV1 du système d'air conditionné KhSA. Il avait montré un comportement anormal depuis l'amarrage.

Fin janvier, le compresseur d'une pompe de Progress M-01M tombe en panne, ce qui empêche le TsUP de procéder à un transfert de tétraoxyde d'azote vers Zaria. Mais le problème est vite réglé, et le transfert a finalement lieu avec quelques jours de retard, le 29 janvier.

Le 3 février, le TsUP décide de ne pas effectuer de rehausse d'orbite, car le problème des oscillations n'est toujours pas réglé. En conséquence, le lancement de Soyouz TMA-14 sera reporté de 24h, et l'atterrissage de Soyouz TMA-13 de 48h, de manière à ce que les phases correspondent.

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