Le vaisseau Progress M-64, qui s'était amarré au module Zaria le 16 mai 2008, doit quitter la station le 1^er septembre. Le 22 août, en vue de cet événement, VOLKOV et KONONIENKO procèdent à l'installation du système StM, qui permettra au véhicule de se séparer.

Le 26 août, l'équipage s'occupe de déplacer deux baies d'instruments (ER4 et ER5) américaines du laboratoire Destiny vers Kibo.

Pour la première fois depuis le mois de mai 2003, la station va devoir effectuer une manœuvre d'évitement d'un débris orbital. En effet, un morceau du satellite russe Cosmos 2421 devrait passer à 1 627km du complexe et les ingénieurs ont calculé qu'il y a 1,39% de probabilité qu'il y ait collision. Cela est en contradiction avec la règle FR B4-101 qui interdit de croiser un objet si la probabilité de collision est plus de un dix-millième au-dessus de 0,01.

Le 27 août 2008, à 16h11 GMT, les moteurs de l'ATV "Jules Verne" sont donc allumés pendant 5min02s dans la direction rétrograde afin de donner un ΔV de 1m/s. Cette correction est suffisamment importante pour éviter le débris, et il est nécessaire de la faire dans ce sens là sinon l'orbite de la station serait trop haute et cela compliquerait les amarrages de
Progress M-65 et Soyouz TMA-13.

Le 29 août, les cosmonautes finissent de charger le Jules Verne avec du matériel usagé. Le vaisseau européen doit quitter la station le 5 septembre prochain. En attendant, le 1^er septembre 2008 à 19h47 GMT, c'est le vaisseau russe Progress M-64 qui se sépare du module Zaria. Le contrôle d'attitude a été assuré par la partie russe de 17h45 GMT à 21h45 GMT.

La NASA annonce le 5 septembre que des ingénieurs ont remarqué sur des photographies que l'une des deux plaques de réflexion thermique de l'un des huit panneaux du radiateur n°3 du segment S1 s'est détachée. La capacité de rayonnement du radiateur n'est guère modifiée.

C'est aussi le 5 septembre 2008 que l'ATV-1 "Jules Verne" se sépare du module Zvezda. A 19h10 GMT, la station s'oriente dans la bonne position puis, à 21h27 GMT, les systèmes de contrôle d'attitude sont éteints. A 21h28 GMT, le centre de contrôle de Toulouse envoie la commande de séparation, et les verrous sont ouverts à 21h31 GMT. Jules Verne s'éloigne alors avec une vitesse relative de 8cm/s et à 21h32 GMT les moteurs sont allumés pendant 316s. Le vaisseau atteint la vitesse de 4,00m/s. Il sera désorbité le 29 septembre 2008.

Le 8 septembre, VOLKOV et KONONIENKO démontent et rangent les équipements de gestion de l'ATV (PCE, Proximity Communications Equipment). Il s'agit principalement d'un système radio, du pupitre de commande et d'une antenne. Le lendemain, les deux cosmonautes russes s'entraînent à manipuler le système d'amarrage manuel TORU en vue de l'arrivée prochaine d'un nouveau vaisseau de ravitaillement.

Le vaisseau en question, Progress M-65, décolle de Baïkonour le 10 septembre 2008. L'amarrage doit avoir lieu dans quarante-huit heures, mais un important problème conduit à le reporter. Le Centre Spatial Johnson de Houston est en effet en proie à l'ouragan Ike et doit être évacué. Un centre de secours est activé à Huntsville, en Alabama, mais il ne dispose pas de toutes les fonctionnalités.

Or, même s'il est russe, le vaisseau Progress ne peut s'amarrer sans un contrôle de la part des Américains (les panneaux solaires US doivent être orientés convenablement, les transitions de contrôle d'attitude doivent être dirigées et la puissance électrique doit être régulée). L'amarrage est donc repoussé au 17 septembre au plus tôt.

Et c'est finalement à cette date, le 17 septembre 2008 à 17h43 GMT, que Progress M-65 s'amarre au module Zvezda, tout juste libéré par Jules Verne. Le centre Johnson est toujours fermé, mais celui de Huntsville a finalement accepté de gérer les opérations.

Les jours suivants sont principalement consacrés au déchargement du nouveau cargo. De nombreux containers de rations alimentaires destinés au prochain équipage (MKS-18) sont rangés. Le 30 septembre, les moteurs de Progress sont brièvement allumés pour tester leur bon fonctionnement ainsi que la bonne intégration du vaisseau dans le complexe orbital.

Ils sont à nouveau mis en marche le 25 septembre 2008 pour les besoins d'un programme informatique de guidage. Ensuite, le 29 septembre, le vaisseau Jules Verne rentre dans l'atmosphère. Les moteurs de Progress M-65 sont encore utilisés pour orienter convenablement la station.

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