Les trois cosmonautes enfilent leurs scaphandres Sokol-KV-2 le 30 septembre afin de vérifier le bon ajustement des couchettes Kazbek-UM. Ensuite, le 1^er octobre, VOLKOV et KONONIENKO réalisent leur première séance dans l'appareil Tchibis afin de commencer à se réadapter à la pesanteur. Leur retour sur Terre doit en effet intervenir dans trois semaines.

Le 2 octobre 2008, une rehausse de l'orbite au moyen des moteurs de Progress M-65 est prévue. Mais elle est annulée quelques instants seulement avant que le système de contrôle d'attitude russe ne prenne le relais à cause d'un problème avec l'un des débris du satellite Cosmos 2421.

Les ingénieurs se rendent compte que si la manœuvre était effectuée, elle risquerait fort de placer la station sur la trajectoire de l'un de ces débris. La correction d'orbite a donc lieu deux jours plus tard, le 4 octobre 2008. Les moteurs sont allumés à 10h06 GMT pendant 281,2s, ce qui permet de rehausser l'orbite de 1,25km. Le contrôle d'attitude a été assuré par la partie russe de 07h55 GMT à 11h45 GMT.

Dans la nuit du 9 au 10 octobre, le système de télémétrie russe BITS2-12 tombe en panne. En conséquence, les équipements de survie du segment russe cessent de fonctionner, ce qui déclenche les alarmes. La station passe en mode de survie le 10 octobre à 06h02 GMT. Le système de contrôle d'attitude russe prend automatiquement en main l'orientation de la station, mais les gyroscopes CMG américains restent connectés, générant ainsi un conflit.

Les ingénieurs de Houston arrêtent rapidement les gyroscopes, et le module Zvezda brûle 44kg d'ergols pendant environ quatre heures pour maintenir l'orientation de la station. Le TsUP passe ensuite sur le système BITS de secours et tout rentre dans l'ordre.

Le 11 octobre, les deux cosmonautes russes répètent les procédures de séparation dans le vaisseau Soyouz TMA-12. Les moteurs de celui-ci sont brièvement allumés pour tester leur fonctionnement. Cette répétition devait avoir lieu la veille, mais a due être reportée suite au problème avec le BITS2-12.

Le vaisseau Soyouz TMA-13 décolle de Baïkonour le 12 octobre 2008. IL est occupé par les colonels Youri LONTCHAKOV et Michael FINCKE, qui vont constituer l'équipage MKS-18 avec Gregory CHAMITOFF. De plus, le sixième touriste de l'Espace, Richard GARRIOTT, est également du voyage. Il rentrera sur Terre avec VOLKOV et KONONIENKO à bord de Soyouz TMA-12.

La relève arrive sur la station quand Soyouz TMA-13 s'amarre au module Zaria le 14 octobre 2008. Après quelques embrassades de bienvenue, tous les cosmonautes se livrent à un exercice d'évacuation.

Ensuite, les couchettes de CHAMITOFF et GARRIOTT sont échangées. Le 17 octobre, VOLKOV, KONONIENKO, LONTCHAKOV et FINCKE échangent quelques consignes en vue de la passation.

Le 20 octobre, VOLKOV, KONONIENKO et GARRIOTT réalisent une répétition générale de trois heures de leur retour sur Terre. Le 22 octobre, tous les membres d'équipage se livrent à la traditionnelle cérémonie de passation des responsabilités. Le 23 octobre, vers 20h00 GMT, VOLKOV et KONONIENKO activent leur vaisseau.

Soyouz TMA-12 se sépare du module Pirs le 24 octobre 2008 à 00h16 GMT. Le moteur de rentrée est allumé à 02h45 GMT pendant 261,4s, puis le Compartiment de Descente (SA) se pose à proximité de la ville kazakhe d'Arkalik à 03h37 GMT.

Les deux atterrissages précédents s'étaient terminés sur des trajectoires balistiques, et cette fois tout le monde est soulagé de voir que tout s'est bien passé.

Le vol de VOLKOV et KONONIENKO aura duré 198 jours 16 heures et 20 minutes.