En comparaison d'autres missions vers la Station Spatiale Internationale (MKS), la seizième a connu une histoire relativement simple. Du côté russe, il avait été prévu au départ de nommer Mikhaïl TIOURINE au poste d'ingénieur de bord. Quand celui-ci a dû remplacer Aleksandr LAZOUTKINE au sein de MKS-14, c'est Youri LONTCHAKOV qui a été pressenti pour lui succéder, mais il n'a jamais été officiellement affecté.

Depuis 2005, l'équipage de réserve de la mission MKS-14 était constitué de WHITSON et MALENTCHENKO (la troisième place étant occupée par un Américain "tournant"). Il est logique que ces deux cosmonautes expérimentés deviennent titulaires deux vols plus tard. Effectivement, en mai 2006, Youri MALENTCHENKO est nommé ingénieur de bord de MKS-16 et commandant du vaisseau Soyouz TMA-11 qui conduira l'équipage jusqu'à la station.

Pour ce qui est du docteur WHITSON, la situation est plus complexe. Au mois d'août 2006, elle est bien nommée commandante de MKS-16, comme prévu, mais aussi de MKS-17 ! En effet, elle devra décoller à bord de Soyouz TMA-11 en compagnie de MALENTCHENKO, mais elle restera à bord de la station après le départ de celui-ci et prendra alors le commandement de MKS-17, arrivé avec Soyouz TMA-12. Elle ne rentrera sur Terre qu'en juin 2008 avec la navette spatiale américaine STS-119.

Ce prolongement de mission est nécessaire pour la NASA en raison des rotations des futurs équipages internationaux. La mission n°16 est composée, comme on l'a dit, de deux Américains et d'un Russe. Pour la mission n°17, c'est le contraire : deux Russes et un Américain. A partir de fin 2007, la station deviendra réellement internationale avec l'arrivée des modules Columbus et Kibo, ainsi que du véhicule ATV. Les Etats-Unis devront alors céder une de leur place dans les équipages aux partenaires du programme.

Ainsi, au moment du décollage de Soyouz TMA-12 en avril 2008, qui transportera les deux Russes de MKS-17 et un passager payant, l'équipage MKS-16 de la station sera constitué d'un Américain (WHITSON), d'un Russe (MALENTCHENKO) et d'un Japonais (WAKATA) qui sera arrivé entre temps à bord d'une navette (STS-124). Si les rotations suivent leur cours habituel, WHITSON et MALENTCHENKO atterriront avec Soyouz TMA-11 et laisseront la station habitée par deux Russes et un Japonais.

Si elle veut assurer la continuité de la présence américaine dans l'Espace, la NASA doit donc faire revenir WAKATA sur Soyouz TMA-11 et laisser WHITSON sur la station jusqu'à l'arrivée de la prochaine navette, STS-119, prévue pour juin 2008. A ce moment, un nouvel Américain arrivera sur la station pour relever WHITSON, et VOLKOV, arrivé avec Soyouz TMA-12, prendra le commandement de MKS-17.

Mais ces plans compliqués ne sont plus nécessaires quand, à la fin de l'année 2006, on apprend que le vol du Japonais Koichi WAKATA est reporté. Le 13 février 2007, la NASA révèle que l'équipage MKS-16 sera bien commandé par Peggy WHITSON, qui décollera et atterrira avec Soyouz TMA-11. L'ingénieur de bord n°1 sera Youri MALENTCHENKO et le poste d'ingénieur de bord n°2 sera occupé par Daniel TANI qui sera arrivé un peu plus tôt sur la station avec le vol STS-120. Plus tard, en décembre 2007, ce sera le Français Léopold EYHARTS qui prendra le relais, puis finalement l'Américain Garrett REISMAN.

Mais le vol STS-120 de la navette spatiale américaine, celui qui doit apporter le module Harmony et l'astronaute Daniel TANI, prend du retard et ne pourra partir avant la fin octobre 2007, c'est à dire après l'arrivée de MKS-16 sur la station. WHITSON et MALENTCHENKO commenceront donc leur séjour avec l'astronaute Clayton ANDERSON comme second ingénieur de bord. ANDERSON doit arriver sur la station avec le vol STS-117 de juin 2007.

Le lancement est initialement programmé pour le 2 octobre 2007, mais il est repoussé au 6 octobre, puis au 10 octobre. Le lanceur Soyouz-FG est livré en train au cosmodrome de Baïkonour le 17 juillet 2007, et il est suivi par le vaisseau spatial Soyouz TMA-11 le 17 août.

Au cours de la première quinzaine de septembre, tous les systèmes de télécommunications ainsi que le système d'amarrage Kours sont contrôlés alors que le vaisseau est placé en chambre anéchoïde. Il en sort le 11 septembre 2007 et est transféré dans la chambre à vide où il séjourne jusqu'au 16 septembre. Durant cette période, les essais d'étanchéité sont menés à bien et sont concluants.

Les 17 et 18 septembre, les équipages du vaisseau Soyouz passent leur examen final avec succès. Ils sont soumis à des épreuves sur les simulateurs Soyouz et Zvezda. Le 20 septembre, les cosmonautes donnent une conférence de presse au TsPK puis partent dans le centre de Moscou pour déposer une gerbe sur les tombes de GAGARINE et KOROLIOV. Ils rencontrent ensuite le général Anatoli PERMINOV, directeur de Roskosmos.

Le 22 septembre, les quatre blocs du premier étage du lanceur sont arrimés au deuxième étage. Cinq jours plus tard, le 27 septembre, les équipages arrivent à Baïkonour dans deux avions séparés. Dès le lendemain, ils enfilent leurs scaphandres Sokol-KV-2 et pénètrent pour la première fois dans leur vaisseau. Ils peuvent ainsi vérifier qu'ils sont à l'aise dans leurs couchettes Kazbek et ils s'exercent à réaliser quelques opérations qu'ils auront à effectuer en vol.

Le 29 septembre, les deux équipages se livrent à une cérémonie au cours de laquelle ils hissent les drapeaux de leur pays respectif. Pendant ce temps, le vaisseau est emmené à la station de remplissage où ses réservoirs sont approvisionnés en ergols et en gaz comprimé. Il est ramené au MIK-254 le 30 septembre et dès le lendemain il est arrimé à la pièce de jonction vaisseau/lanceur.

Le 3 octobre, les ingénieurs responsables de la préparation du vaisseau réalisent une dernière inspection puis la coiffe est installée. Cette dernière a été estampillée d'un autocollant commémorant le 50ème anniversaire du lancement de Spoutnik, qui est fêté le lendemain, 4 octobre 2007.

Le 5 octobre, les cosmonautes visitent une dernière fois le vaisseau Soyouz, qui immédiatement après est transporté dans la zone n°112 où l'attend le lanceur Soyouz-FG. L'assemblage des différents éléments a lieu deux jours plus tard, et le tout est installé sur le pas de tir de la zone n°1 dans la matinée du 8 octobre. Le lendemain, la Commission d'Etat nomme officiellement les trois cosmonautes de Soyouz TMA-11 et autorise le lancement. Ensuite, les équipages donnent une brève conférence de presse.

A cette occasion, le responsable russe Sergueï SEMTCHENKO offre un fouet à Peggy WHITSON, en lui disant de ne pas hésiter à l'utiliser si les deux hommes qu'elle aura sous son commandement ne voulaient pas lui obéir ! C'est une manière humoristique de rappeler qu'elle devient avec ce vol la première femme à commander une station spatiale.

Le 10 octobre, le grand jour est enfin arrivé. Les trois cosmonautes de Soyouz TMA-11 enfilent leurs scaphandres Sokol-KV-2 dans le MIK-254 et donnent une toute dernière conférence de presse. Ils sortent ensuite du bâtiment et le colonel MALENTCHENKO fait son rapport au général PERMINOV et à Vitali LOPOTA, le nouveau directeur de la RKK Energuia. Vient ensuite le moment d'embarquer dans le bus qui les emmène jusque dans la zone n°1. Ils effectuent le traditionnel arrêt à mi-chemin pour uriner sur la roue arrière du bus (WHITSON est épargnée !). Arrivés sur le pas de tir, ils saluent la foule, montent dans l'ascenseur et embarquent à bord de leur vaisseau.

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