Pendant la sortie de REILLY et OLIVAS, le segment russe de la station a subi une très grave panne informatique. En temps normal, il y a deux ordinateurs qui fonctionnent ensemble : le TVM (terminal) et le TsVM (central).

• Le TVM gère les opérations de navigation et contrôle toutes les fonctions, telle que la génération d'oxygène ou l'élimination du dioxyde de carbone. Il permet aussi de gérer les ARCU (American-to-Russian Converter Unit), qui rendent possible le transfert d'énergie électrique du segment américain vers le segment russe.
  

• Le TsVM, quant à lui, est à un niveau hiérarchique supérieur et gère le fonctionnement global de la station.

Ces ordinateurs sont redondés deux fois chacun, et il y a donc six unités en permanence. Il y a quelques mois, l'un des TsVM avait cessé de fonctionner, et il n'y avait donc plus qu'une redondance.

Le 11 juin 2007, à 21h25 GMT, un TsVM et un TVM cessent de fonctionner. Il n'y a donc plus qu'un seul TsVM et deux TVM. Ensuite, les unités restantes s'arrêtent puis redémarrent à plusieurs reprises. Suite à ces interruptions, le contrôle d'attitude de la partie russe est perdu, et il est transféré à la navette Atlantis, qui est maintenant responsable de l'orientation de la station à l'aide de ses moteurs verniers.

Dans une telle configuration, les ailes solaires de la station ne sont plus autorisées à tourner afin d'éviter une contamination des cellules photovoltaïques par les jets de gaz de la navette. En conséquence, la production d'électricité n'est plus assurée et les batteries se déchargent.

A 23h42 GMT, le JSC commande le transfert du contrôle d'attitude de la navette vers la partie américaine de la station, c'est-à-dire des gyroscopes CMG. Mais ces derniers se saturent très rapidement et la station part à la dérive. Les réacteurs de la navette reprennent le contrôle, stabilisent l'ensemble, puis repassent le relai aux CMG, qui cette fois parviennent à remplir leur rôle.

Mais vers 01h50 GMT (le 12 juin), les gyroscopes saturent à nouveau et les moteurs d'Atlantis sont à nouveau sollicités. Plus tard, la station est laissée volontairement à la dérive afin de laisser les ailes solaires se tourner en direction du Soleil et ainsi recharger les batteries. A 05h20 GMT, les CMG reprennent le contrôle et se stabilisent.

L'origine de cette panne est totalement mystérieuse, et pourrait être liée à l'installation du nouveau segment S3/S4. En tout cas, elle est extrêmement grave et des équipes d'ingénieurs sont formées à Moscou et à Houston pour tenter de remédier au problème.

Ils pensent que le problème pourrait provenir de l'installation du S3/S4. Peut-être que la puissance électrique qu'il fournit n'est pas de suffisamment bonne qualité et perturbe le fonctionnement des ordinateurs. En tout cas, quelle que soit l'origine de la panne, elle est très grave. Elle interdit en effet de mettre en route les systèmes Elektron et Vozdoukh, ainsi que les ARCU.

Tout au long de la journée du 12 juin, les ordinateurs de la station sont redémarrés de nombreuses fois, mais ne parviennent pas à fonctionner correctement. Cela n'empêche pas les opérations au programme de la mission d'Atlantis de se poursuivre.

Le 13 juin, à 10h47 GMT, les ingénieurs de Houston commencent à rétracter l'aile solaire 2B du segment P6. En effet, s'ils la laissaient déployée, elle empêcherait la nouvelle aile solaire du S4 de tourner librement. L'autre aile du P6 avait été rétractée au cours d'une sortie dans l'Espace lors de la mission STS-116 en décembre 2006, et les astronautes avaient alors rencontré de grosses difficultés.

Cette fois, il a été décidé de commencer la rétractation avant la sortie dans l'Espace, et de l'effectuer section par section. Les ingénieurs parviennent à rétracter 7,5 des 31,5 sections de l'aile. A 14h42 GMT, les astronautes STURCKOW et REILLY prennent le relais mais ne parviennent pas à aller plus loin.

Ensuite, le 13 juin 2007 à 18h28 GMT, FORRESTER et SWANSON débutent la deuxième sortie dans l'Espace de la mission. Ils se dirigent immédiatement vers le P6 et s'occupent de continuer la rétractation de l'aile solaire. Ils parviennent à replier 5,5 sections supplémentaires (il en reste donc 18,5) et à 20h50 GMT ils se tournent vers d'autres activités.

En effet, il fallait laisser déployé un maximum de 19 sections pour permettre à l'aile du S3/S4 de tourner librement, le reste n'est donc pas urgent. Les deux astronautes s'attèlent ensuite à installer quatre poutres de renforcement sur le SARJ du S3/S4 ainsi que les deux DLA restants (les deux premiers ont été mis en place lors de la première sortie).

FORRESTER met alors le nez sur un petit problème technique : il apparaît que quand on sollicite l'un des deux nouveaux DLA, c'est en fait l'un des deux précédemment installés qui répond. Les ingénieurs de Houston devront régler ce problème ultérieurement. De leur côté, les deux astronautes ôtent les différentes cales qui retenaient le SARJ durant le lancement, à l'exception d'une qui refuse de bouger. Ne parvenant pas à en venir à bout, ils rentrent dans le module Quest, qu'ils repressurisent à 01h44 GMT le 14 juin. La sortie a duré 7h12.

Plus tard dans la journée du 14 juin, YOURTCHIKHINE et KOTOV procèdent à la réouverture de l'écoutille donnant accès au vaisseau Progress M-59. Ils l'avaient fermée le 24 mai dans le cadre de la préparation de leurs deux sorties dans l'Espace depuis le module Pirs. En outre, STURCKOW, ARCHAMBAULT, WILLIAMS et ANDERSON parviennent à rétracter trois sections supplémentaires de l'aile solaire du P6. Il en reste donc 15,5.

Le problème des ordinateurs TVM et TsVM du segment russe n'est toujours pas résolu, et les différentes unités continuent de redémarrer et de s'arrêter régulièrement. Les cosmonautes de MKS-15 utilisent un oscilloscope pour contrôler la qualité de l'électricité générée par l'aile solaire du S4, et ne trouvent pas de problème. Cette cause possible de la panne est donc écartée.

Le matin du 15 juin, le TsUP parvient à redémarrer pendant quelques instants une unité de chaque ordinateur, ce qui permet de remettre en fonctionnement une ARCU. En conséquence, le segment russe et le vaisseau Soyouz TMA-10 peuvent recharger leurs batteries. La température à bord de Zvezda se stabilise autour de 4°C.

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