Le 29 août, la pompe N1 du dispositif 4SPN1 de la boucle KOB2 du système de régulation thermique russe SKV-2 est tombée en panne. Le 4SPN2 (redondant) s'est alors automatiquement enclenché.

Le 31 août, l'eau potable du réservoir BV1 de Progress M-61 est transférée dans le réservoir BV1 du module Zvezda. Quelques jours plus tard, c'est l'eau du réservoir BV2 de Progress qui est transférée dans ce même réservoir BV1 de Zvezda. Mais les mesures indiquent une possible fuite dans le réservoir BV2 de Progress.

Le 7 septembre, la pompe N2 de la boucle KOB2 du système SKV-2 tombe en panne à son tour, exactement de la même manière que la pompe N1 le 29 août. Des pompes de rechange devraient être embarquées sur le vaisseau Soyouz TMA-11 qui va bientôt rejoindre la station.

Le 10 septembre, KOTOV démonte certains composants du système de navigation SUD du module Zaria, qui ne sert plus à rien depuis que Zvezda est venu rejoindre la station.

Les 12 et 13 septembre, des ergols sont transférés des réservoirs BG1 et BG2 du système KDU de Progress M-61 vers les réservoirs BO2 (oxydant) et BG2 (carburant) de Zvezda.

KOTOV passe plusieurs heures dans la journée du 14 septembre à démonter des pièces réutilisables de Progress M-60 en vue de sa séparation prochaine. Deux jours plus tard, aidé par YOURTCHIKHINE, il installe le dispositif StM.

Le 17 septembre, les deux cosmonautes russes verrouillent l'écoutille et activent le vaisseau. Progress M-60 se sépare de Zvezda le 19 septembre 2007 à 00h37 GMT. Le lendemain, 20 septembre, Progress M-61 est utilisé pour faire le plein des réservoirs d'UDMH de Zvezda.

Justement, les moteurs KD1 et KD2 de Zvezda sont utilisés le 24 septembre 2007 pour rehausser l'orbite de la station. Ils sont allumés à 19h34 GMT et fournissent un Delta-V de
2,9m/s, ce qui remonte l'altitude moyenne de 4,9km.

La prochaine opération importante est le déplacement de Soyouz TMA-10 de Zaria vers Zvezda, afin d'éviter à l'équipage de relève d'avoir à s'amarrer sur Zvezda. Le vaisseau se sépare le 27 septembre 2007 à 19h20 GMT et s'amarre à 19h47 GMT.

Pendant qu'ils sont dans le Soyouz, les cosmonautes en profitent pour essayer leurs scaphandres Sokol-KV-2 et vérifient que les sièges Kazbek-UM sont toujours bien ajustés.

Le lendemain de ce transfert, le TsUP procède à la rétractation du panneau solaire bâbord du module Zaria. En effet, lors du prochain vol de la navette américaine (STS-120), les deux radiateurs photovoltaïques (PVR) du segment P6 vont être déployés, car le segment américain a besoin d'eux pour pouvoir supporter l'ajout des modules Columbus et Kibo.

Or, dans leur position actuelle, les panneaux solaires de Zaria ne permettraient pas aux PVR de tourner librement. Sans panneau solaire, le module russe dépendra exclusivement de la puissance électrique fournie par le segment américain par l'intermédiaire des ARCU.

Le panneau tribord (SB4) est donc rétracté le 28 septembre 2007 à 14h09 GMT. Le panneau bâbord l'est également le 29 septembre à 12h59 GMT. La rétractation dure environ quinze minutes.

Le système américain de génération d'oxygène, OGS, va bientôt être activé (pour la deuxième fois : il l'avait déjà été en juillet 2007). Dans cette perspective, le 1er octobre 2007, Oleg KOTOV éteint le système russe Elektron-VM. L'OGS est activé dès le lendemain par Clayton ANDERSON à 14h20 GMT.

Le 3 octobre, YOURTCHIKHINE remplace la pompe défaillante du 4SPN1 par une autre qu'il a démontée sur le 3SPN1 de la boucle KOB1. La KOB2 a donc ses quatre pompes qui marchent, et la KOB1 n'en a plus que deux.

Le lendemain, 4 octobre 2007, tout l'équipage fête le cinquantième anniversaire du lancement de Spoutnik, qui a marqué le début de l'ère spatiale.

Le système Elektron est redémarré le 5 octobre, quand l'OGS est arrêté. Ses trois jours d'essais auront été un succès.

Le 8 octobre, KOTOV procède à un essai sur le vaisseau Progress M-61. Il met en marche les six compresseurs qui permettent de pressuriser la membrane du réservoir BV1, et il constate une fuite. Le BV1 devait être rempli de l'urine stocké à bord depuis plusieurs semaines, mais ce transfert est annulé.

L'équipage de relève MKS-16 décolle du cosmodrome de Baïkonour le 10 octobre à bord du vaisseau Soyouz TMA-11. Peggy WHITSON et Youri MALENTCHENKO sont accompagnés du premier cosmonaute malaisien. L'amarrage au module Zaria a lieu le 12 octobre 2007 à
14h50 GMT.

Dans le vaisseau Soyouz TMA-10, les couchettes Kazbek-UM de MUSZAPHAR-SHUKOR et d'ANDERSON sont échangées. Les cosmonautes entament alors une semaine d'activités communes.

Les moteurs de Soyouz TMA-10 sont allumés brièvement le 16 octobre afin de vérifier leur bon fonctionnement. Pour cette manœuvre, le contrôle d'attitude de la station a été temporairement confié au système russe.

Le lendemain, 17 octobre, KOTOV, YOURTCHIKHINE et MUSZAPHAR SHUKOR réalisent une simulation de leur rentrée atmosphérique dans le Soyouz TMA-10. Ils ne doivent démarrer aucun système à l'exception du panneau de contrôle du SA.

Le 19 octobre, YOURTCHIKHINE stocke du matériel usagé et des déchets dans le module orbital du Soyouz, tandis que KOTOV range du matériel à ramener sur Terre dans le SA.

Soyouz TMA-10 se sépare du module Zvezda le 21 octobre 2007 à 07h14 GMT. Le moteur de freinage est allumé à 09h47 GMT pendant 4min22s et confère au vaisseau un Delta-V de
115,2m/s.

Soyouz entame alors sa descente et, à 10h11 GMT, alors qu'il se trouve à 140 km d'altitude, les trois modules sont séparés. La phase de rentrée atmosphérique débute à 10h14 GMT. Le système de contrôle de la descente (AUS, Автоматика управления спуском) contrôle l'orientation du vaisseau de manière à ce qu'il suive une trajectoire bien définie permettant de réduire la charge.

Le vol se déroule ainsi sans incident pendant environ 12 secondes, la charge ne dépassant pas 1,8G. Mais ensuite, à 10h18 GMT, l'ordinateur passe en mode de secours, qui consiste à faire revenir le vaisseau selon une trajectoire balistique.

La charge augmente brutalement jusqu'à atteindre 8,5 ou 8,6G, et finalement Soyouz TMA-10 atterrit à 10h36 GMT à 340km à l'ouest du point prévu à l'origine. Le site d'atterrissage
(50°29'01" N, 62°17'20"E) est situé à 10km du village de Tolibaï, au Kazakhstan.

Les équipes de récupération des FPSU parviennent rapidement sur place et les cosmonautes sont extraits du vaisseau à 10h55 GMT. Ils sont alors emmenés à Koustanaï pour la traditionnelle cérémonie de bienvenue, puis un avion les conduit à la Cité des Etoiles.

A la RKK Energuia, une commission d'enquête est formée pour déterminer les causes du retour balistique. Le 29 janvier, elle annonce que ce serait un câble défaillant reliant le panneau de contrôle aux équipements du SA qui serait à l'origine du problème.