Le lanceur Soyouz-FG décolle du pas de tir n°5 de la zone n°1 du cosmodrome de Baïkonour le 18 septembre 2006 à 04h08 GMT. Le vaisseau Soyouz TMA-9, commandé par Mikhaïl TIOURINE, se sépare du troisième étage à 04h17 GMT.

Soyouz TMA-9 évolue sur une orbite 193 km x 245 km x 51,65°, et la Station Spatiale Internationale, au moment du décollage, est sur une orbite 333,22 km x 360,48 km x 51,64°. Ainsi, ce seront quatre corrections de trajectoire que TIOURINE devra effectuer s'il veut s'amarrer à la station. La première a lieu à 07h43 GMT, au cours de la troisième orbite. Les moteurs restent allumés durant 30,8 s et permettent à l'orbite du vaisseau d'avoir les paramètres suivants : 213,2 km x 258,1 km x 51,65°.

La deuxième manoeuvre a lieu à l'orbite suivante, à 08h25 GMT. Avec 18,4 s de fonctionnement, les moteurs rehaussent encore un peu l'orbite du vaisseau (234,9 km x 268,5 km x 51,65°). Aucune autre correction n'est prévue avant le lendemain, et les trois cosmonautes ont droit à quelques heures de sommeil. LOPEZ-ALEGRIA dorment dans le module orbital, tandis que le commandant TIOURINE s'installe dans le module de descente.

Le réveil a lieu à 20h33 GMT, toujours le 18 septembre. A partir de là, Anousheh ANSARI commence à ressentir le mal de l'Espace. Ses deux collègues lui font une injection d'un médicament qui a pour effet secondaire de provoquer le sommeil. La quatrième touriste de l'Espace retourne donc se coucher (si l'on peut dire). Pendant qu'elle dort, TIOURINE et LOPEZ-ALEGRIA s'attèlent à réaliser la troisième correction de trajectoire. Elle a lieu à 05h05 GMT (le 19 septembre), lors de la dix-septième révolution. Les moteurs fonctionnent pendant seulement 6,2 s et rehaussent encore l'orbite du vaisseau, tout en abaissant légèrement son inclinaison de manière à la faire coïncider avec celle de la station (240,7 km x 268,8 km x 51,64°). Après cela, les deux cosmonautes vont eux aussi se coucher.

Le troisième jour, lors de la 32ème orbite, deux nouvelles corrections de trajectoire sont menées à bien. La première commence à 03h24 GMT (le 20 septembre) et dure 47,5 s (orbite après la manoeuvre : 251,1 km x 305,3 km x 51,64°); la seconde a lieu à 04h09 GMT et dure 61,1 s. L'orbite a maintenant les paramètres suivants : 305,2 km x 349,9 km x 51,64°. Anousheh ANSARI se sent toujours très mal et elle reçoit une seconde injection de médicament. L'amarrage approche, et les cosmonautes doivent enfiler leurs combinaisons Sokol-KV-2 et s'installer dans leurs sièges.

TIOURINE procède au déploiement du système s'amarrage automatique Kours-A. Le vaisseau commence à arriver en vue de la station, et quand il n'en plus qu'à 400 m il s'aligne avec le module Zvezda, puis s'en approche jusqu'à 160 m. La manoeuvre d'approche finale débute lors de la 34ème orbite, et l'amarrage au module Zvezda a lieu le 20 septembre 2006 à 05h21 GMT en mode automatique, douze minutes après le lever du Soleil, et trois minutes plus tôt que prévu.

Il faut un peu plus de trois heures pour effectuer les divers tests d'étanchéité de la jonction entre le vaisseau et Zvezda. Les écoutilles sont ouvertes à 08h33 GMT, et les trois cosmonautes de Soyouz TMA-9 retrouvent Pavel VINOGRADOV, Jeffrey WILLIAMS et Thomas REITER, de la mission EO-13. Après de chaleureuses embrassades, TIOURINE se met au travail et commence le transfert de 159 objets du Soyouz vers la station. Ensuite, les trois nouveaux arrivants se font dicter par leurs prédécesseurs les principales consignes de sécurité en vigueur à bord. De plus, VINOGRADOV fait une "visite guidée" du complexe à Mme ANSARI. Plus tard, lui et son collègue Mikhaïl TIOURINE installent la couchette et l'équipement de survie de la première femme touriste de l'Espace dans le vaisseau Soyouz TMA-8 qui la ramènera sur Terre. D'autre part, le colonel WILLIAMS s'atèle au séchage des trois combinaisons Sokol-KV-2 des cosmonautes de Soyouz TMA-9.

Le 21 septembre, VINOGRADOV et TIOURINE continuent le déchargement des 159 objets apportés par Soyouz TMA-9, tandis que WILLIAMS prend du temps pour ranger certaines affaires apportées lors de la récente visite de la navette spatiale Atlantis (STS-115). D'ailleurs, les six cosmonautes de la station peuvent admirer l'atterrissage d'Atlantis en début de matinée. Ils observent la longue traînée orange provoquée par la rentrée dans l'atmosphère. Le 23 septembre, VINOGRADOV et TIOURINE consacrent une partie de la journée à effectuer des opérations de maintenance sur le système Elektron, qui est en panne depuis plusieurs jours. Pendant ce temps, WILLIAMS finit de ranger tout ce qu'Atlantis avait apporté. Les six cosmonautes se réservent aussi un petit moment pour signer et estampiller une soixantaine d'enveloppes commémoratives qui seront ramenées sur Terre à bord de Soyouz TMA-8.

Le matin du 28 septembre arrive et VINOGRADOV, WILLIAMS et ANSARI se préparent à rentrer sur Terre. Ils enfilent leurs combinaisons Sokol, disent au revoir à LOPEZ-ALEGRIA, TIOURINE et REITER et montent dans le vaisseau Soyouz TMA-8. La séparation du module Zaria a lieu à 21h50 GMT, et l'atterrissage intervient à 01h13 GMT le 29 septembre. Les trois cosmonautes de la quatorzième mission se retrouvent donc seuls à bord de la station. Ils doivent prochainement déplacer leur vaisseau Soyouz TMA-9 du module Zvezda au module Zaria qui vient d'être libéré. Ensuite, le 26 octobre, ils verront arriver le ravitailleur Progress M-58. Leur prochaine visite interviendra, quant à elle, le 9 décembre 2006. La navette spatiale américaine Discovery (STS-116) viendra alors installer une poutre supplémentaire et relever le colonel Thomas REITER, qui sera remplacé par le commandant Sunita WILLIAMS.

Peu après la séparation de Soyouz TMA-8, le centre de Houston détecte un comportement vibratoire anormal avec le gyroscope CMG-3. Le 29 septembre, il est retiré du système d'orientation.

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