L'équipage de la treizième mission d'occupation de la Station Spatiale Internationale a été formé dès 2003 pour un décollage prévu en mars ou avril 2006.

Ce vol sera le premier pour lequel les Etats-Unis devront payer à la Russie la place de leur astronaute à bord du vaisseau Soyouz TMA. Mais au moment où l'équipage est désigné, la NASA n'a toujours rien versé. Elle en est empêché par de graves problèmes diplomatiques qui dépassent largement le cadre du programme spatial.

Les Etats-Unis sont en effet fortement opposés à la participation russe au programme nucléaire civil de la République Islamique d'Iran, et une loi a été votée il y a plusieurs années - le fameux Iran Non-proliferation Act (INA) - pour interdire tout échange de fonds entre une administration américaine et un état coopérant avec l'Iran. La NASA est donc dans l'impossibilité de payer ses places à bord des Soyouz.

Le 11 décembre 2003, le MCOP (Multilateral Crew Operations Panel) nomme les cosmonautes suivants pour l'équipage de réserve :

Le 8 janvier 2004, il désigne le Russe Pavel VINOGRADOV et l'Américain Daniel TANI pour composer l'équipage principal. De plus, KONDRATIEV est ajouté à la liste. KOTOV remplace ce dernier au sein de l'équipage de réserve.

Au début de l'année 2005, GRUNSFELD est désigné pour remplacer HERRINGTON.

Au cours de l'été 2005, GRUNSFELD est nommé pour commander le prochain vol de maintenance du télescope spatial Hubble, et doit donc quitter ses fonctions au sein de l'équipage de réserve de la treizième mission. Il est remplacé par M. FINCKE.

Le 20 septembre 2005, TANI est remplacé par le colonel Jeffrey WILLIAMS. Le lendemain, le Sénat américain vote un amendement à l'INA pour permettre à la NASA de transférer des fonds en Russie dans le cadre du programme de Station Spatiale Internationale.

Au cours de l'automne 2005, il devient clair que les navettes spatiales américaines ne pourront pas reprendre leur service aussi rapidement que prévu, et l'équipage ne pourra donc compter que deux personnes. Dmitri KONDRATIEV est écarté de la mission.

Le 7 décembre 2005, la partie russe annonce officiellement que l'équipage de la mission
MKS-13, qui doit décoller le 22 mars 2006, sera bien composé de VINOGRADOV et WILLIAMS, et que le Brésilien PONTES les accompagnera dans le cadre de la mission EP-10 "Centenario".

De plus, Michael FINCKE et Fiodor YOURTCHIKHINE formeront l'équipage de réserve (personne n'est nommé pour remplacer PONTES en cas de problème). Le 5 janvier 2006, la composition des équipages est approuvée par les partenaires internationaux.

L'un des grands événements de la mission MKS-13 sera l'arrivée en mai de la navette spatiale américaine Discovery STS-121, qui marquera le vrai retour en vol de la flotte américaine. Elle avait été clouée au sol suite à la perte de Columbia le 1er février 2003. Un vol avait été effectué en juillet 2005 (STS-114), mais des incidents techniques avait repoussé le vol suivant.

Discovery transportera vers la station le cosmonaute allemand Thomas REITER, qui se joindra à VINOGRADOV et WILLIAMS pour devenir le troisième membre d'équipage. Ce sera la première fois depuis la mission MKS-6 de 2003 que la station sera occupée de manière permanente par trois cosmonautes.

Le 23 janvier, on apprend que le lancement est reporté au 30 mars à cause de problèmes techniques rencontrés avec Soyouz TMA-8. Cet incident est vite réglé, et le 10 février, la RKK Energuia livre le vaisseau au cosmodrome de Baïkonour. Le cosmonaute russe Sergueï VOLKOV est nommé comme suppléant de Marcos PONTES.

Le 16 mars, les six cosmonautes (trois titulaires et trois suppléants) rencontrent le général PERMINOV (directeur de Roscosmos) à Moscou. Le 18 mars, ils font le voyage jusqu'à Baïkonour pour s'entraîner sur le matériel de vol et inspecter le Soyouz TMA-8. Le 20 mars, ils enfilent leurs scaphandres Sokol-KV-2 et réalisent une simulation de la mission dans le vaisseau. Les équipages prennent ensuite l'avion pour regagner le TsPK, près de Moscou.

Le 21 mars, les réservoirs de Soyouz TMA-8 sont remplis en gaz pressurisés et en propergols. Le lendemain, le vaisseau est ramené au MIK pour y poursuivre sa préparation. Dès le 23 mars, il est arrimé à la pièce de jonction vaisseau/lanceur, et le 24 mars, après une dernière inspection des ingénieurs, il est équipé de la coiffe qui le protègera durant la traversée de l'atmosphère.

Le 25 mars, les cosmonautes sont de retour au cosmodrome, et le 26 ils inspectent leur vaisseau. Ce dernier est ensuite transporté par voie ferrée jusqu'en zone n°112. Le 27 mars, Soyouz TMA-8 est arrimé au troisième étage du lanceur Soyouz-FG, et le tout est ensuite raccroché aux deux premiers étages. Plus tard dans la journée, la Commission d'Etat se réunit et autorise le lanceur à être transporté vers le pas de tir. Ceci est entrepris dans la matinée du 28 mars.

Le lendemain, la Commission d'Etat se réunit à nouveau pour confirmer les équipages et autoriser le lancement.

Le 30 mars, VINOGRADOV, WILLIAMS et PONTES subissent quelques rapides examens médicaux juste après leur réveil. Ils revêtissent ensuite leurs scaphandres Sokol-KV-2 et donnent une dernière conférence de presse. Ils font leur traditionnel rapport au président de la Commission d'Etat, N. F. MOÏSSEÏEV, et monte dans le bus qui les emmène jusqu'au pas de tir. Là, ils font leurs derniers au revoir et embarquent dans le vaisseau.

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