Le 8 septembre, à 13h16 GMT, un lanceur Soyouz-U lancé de Baïkonour place sur orbite le vaisseau de ravitaillement Progress M-54. Celui-ci rejoint la station deux jours plus tard, avec un amarrage réalisé en mode automatique au moyen du système Kours le 10 septembre 2005 à 14h42 GMT. Dès le lendemain (11 septembre), les cosmonautes réalisent les premiers transferts de fret entre le vaisseau et la station.

Le 14 septembre, KRIKALIOV prépare l'expérience Matriochka (ramenée à l'intérieur de la station lors de la sortie du 18 août) à son retour sur Terre. Le 15 septembre, les deux cosmonautes s'attèlent à réparer le système Elektron à l'aide de nouvelles pièces apportées par Progress M-54.

La tentative d'activation devait avoir lieu plus tard dans la journée, mais elle doit être reportée au 19 septembre car le satellite Molnia qui devait retransmettre les données au sol en temps réel n'est pas disponible. Finalement, le 19 septembre, KRIKALIOV procède au démarrage du système, et celui-ci fonctionne correctement ! Le problème lancinant du renouvellement de l'atmosphère de la station semble donc bel et bien résolu.

Le 21 septembre, le cyclone Rita se dirige vers le Texas et la NASA fait évacuer le Centre Spatial Johnson de Houston. Le contrôle du segment américain de la station est transféré aux équipes américaines en poste au TsUP de Moscou (appelées le HSG, pour Houston Support Group).

Le même jour, KRIKALIOV et PHILLIPS enfilent leurs combinaisons Sokol-KV-2 afin de procéder à un essai de leurs sièges Kazbek du Soyouz TMA-6. Le 26 septembre, le centre Johnson reprend le contrôle des opérations américaines sur la station. Aucun dégât n'est à déplorer suite au passage du cyclone Rita. Pendant ce temps, les cosmonautes retirent les éléments du système Kours de leur vaisseau Soyouz TMA-6, qui doit les ramener sur Terre dans moins d'un mois. L'équipage de relève doit en effet décoller le 1er octobre de Baïkonour.

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