Le 1er juillet, l'atmosphère de la station est de nouveau enrichi avec 5kg d'oxygène provenant des réservoirs de Progress M-53. Le vaisseau est à nouveau utilisé le 6 juillet à 14h58 GMT pendant 464s pour rehausser l'orbite de la station de 3,3km.

KRIKALIOV et PHILLIPS consacrent une grande partie de leur temps à préparer la grande quantité de matériel qui va être ramenée sur Terre par Discovery. Le 7 juillet, le cosmonaute russe transfère les réserves d'eau potable contenue dans les réservoirs de Progress M-53 dans ceux de Zvezda. Le 9 juillet, le contrôle de l'attitude de la station est passé pendant environ 55min sous le contrôle du système russe afin d'assurer le passage du mode YVV (axe Y parallèle au vecteur vitesse) au mode XVV (axe X parallèle au vecteur vitesse).

Cette manœuvre est inscrite dans le cadre de la préparation de l'arrivée de la navette Discovery. Le 11 juillet, on apprend de source russe que la sortie dans l'Espace prévue pour le mois d'août est annulée. Elle aurait due être réalisée depuis le segment américain. Toutes les tâches qui devaient être accomplies lors de cette sortie sont transférées au programme de la mission MKS-12. Le 12 juillet, de l'UDMH et du tétraoxyde d'azote des réservoirs de Progress sont transférés dans ceux de Zaria.

Le 13 juillet, les sept astronautes de la navette spatiale américaine Discovery se préparent au lancement et montent dans le vaisseau. Malheureusement, quelques dizaines de minutes seulement avant la fin du compte à rebours, un incident technique conduit les responsables à annuler le tir et à le reporter à une date ultérieure.

Le 19 juillet 2005, KRIKALIOV et PHILLIPS montent dans le vaisseau Soyouz TMA-6, amarré au module Pirs depuis le 17 avril. KRIKALIOV prend les commandes et à 10h38 GMT il sépare le Soyouz. Il le fait reculer d'environ 25m et le déplace latéralement d'environ 14m. Ensuite, il lui impose une rotation de 45° pour l'aligner avec la pièce de jonction du module Zaria, reste 14 minutes en attente et procède au réamarrage à 11h07 GMT. Les cosmonautes rentrent dans la station aux alentours de 13h00 GMT. Cette manœuvre de déplacement était destinée à libérer le module Pirs pour la sortie dans l'Espace du mois d'août.

Autour du 20 juillet, KRIKALIOV et PHILLIPS commencent à emballer des équipements qui seront ramenés par la navette américaine Atlantis STS-121 au mois de septembre. En attendant, le lancement de la navette Discovery STS-114 est reprogrammé pour le 26 juillet.

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