Les trois cosmonautes passent les deux journées suivantes dans le module orbital du vaisseau. Puis, le 17 avril 2005, ils arrivent en vue de la Station Spatiale Internationale. L'amarrage au module Pirs a lieu à 02h20 GMT en mode automatique (à l'aide du système Kours).

Les équipages du Soyouz et de la station procèdent alors à plusieurs contrôles d'étanchéité, et ils ouvrent les écoutilles à 04h46 GMT. Ainsi, KRIKALIOV, PHILLIPS et VITTORI retrouvent CHIAO et CHARIPOV (MKS-10), qui sont à bord depuis le mois d'octobre 2004.

Après les traditionnelles embrassades, la première chose au programme est un briefing sur les procédures de sécurité, donné par CHIAO et CHARIPOV au nouvel équipage. KRIKALIOV et PHILLIPS réalisent également plusieurs séances d'entraînement au maniement du bras Canadarm2.

Le 19 avril, CHIAO et PHILLIPS réparent le système de refroidissement du module Quest, à l'aide de pièces de rechange apportées par le Soyouz. Vers 19h38 GMT, le système Elektron est arrêté à cause d'une surtension.

Le 22 avril 2005, une petite cérémonie marque officiellement le passage de commandement de CHIAO à KRIKALIOV. Le 24 avril, CHIAO, CHARIPOV et VITTORI embarquent à bord du Soyouz TMA-5 et quittent la station. KRIKALIOV et PHILLIPS se retrouvent seuls; leur prochaine visite devrait être celle de la navette américaine Discovery STS-114 au mois de mai.

Quelques jours après le départ de leurs prédécesseurs, les deux hommes réalisent un exercice d'évacuation de la station. Sergueï KRIKALIOV passe un certain temps à travailler sur le système Elektron, qui ne fonctionne plus depuis le 19 avril. Depuis cette date, l'oxygène que respirent les cosmonautes est celui qui provient des réservoirs du vaisseau Progress M-52.

KRIKALIOV procède également au transfert de l'eau contenue dans le Progress M-52 vers les réservoirs de Zvezda. Le 26 avril, KRIKALIOV reconnecte Elektron en mode 50A. Mais environ trois heures plus tard le système cesse à nouveau de fonctionner. Le TsUP décide alors de repressuriser l'atmosphère de la station en dioxygène au moyen des réservoirs de Progress. Le 28 avril, KRIKALIOV réalise à nouveau deux tentatives de réactivation, mais sans succès.

Le 29 avril, les deux hommes sont informés par la NASA que les prochains vols de la navette sont reportés. Discovery ne décollera pas en mai, mais en juillet. Et Atlantis, qui doit amener l'Allemand Thomas REITER, ne s'envolera qu'en septembre.

Le 5 mai, KRIKALIOV tente de réparer le système Elektron en changeant l'un de ses composants (l'unité BZh-5, qu'il remplace par la BZh-6; cette dernière est périmée, mais devrait quand même mieux fonctionner). A 15h56 GMT il met le système en marche. Trois minutes plus tard, Elektron s'arrête à nouveau.

Le 6 mai, le tapis roulant que les cosmonautes utilisent pour leur exercice quotidien tombe en panne. PHILLIPS découvrira que la faute incombe à un câble du gyroscope qui s'est cassé. Le même jour, KRIKALIOV transfère l'urine contenue dans les réservoirs de Zvezda vers ceux de Progress M-52.

Au cours de la semaine du 9 mai, l'atmosphère de la station est réalimentée en oxygène par pompage de celui présent dans les réservoirs de Progress M-52. Le système Elektron est maintenant considéré comme totalement hors-service et les ingénieurs russes pensent que tout un module électronique doit être changé. Il sera apporté par Progress M-53. En attendant, les cosmonautes vont vivre sur leurs réserves. Par ailleurs, PHILLIPS effectue quelques manipulations sur trois ordinateurs SSC (Station Support Computer) du segment américain qui présentent des anomalies de fonctionnement.

Le 11 mai, à 14h27 GMT, les moteurs de Progress M-52 sont allumés pendant 175s pour rehausser l'orbite de la station de 1,2km. Ses paramètres orbitaux sont maintenant 352km x 376km x 51,66°.

Aux alentours du 16 mai, KRIKALIOV et PHILLIPS réparent le tapis roulant. Le 18 mai, PHILLIPS vide le PMA-2 de tout ce qu'il contenait et procède à sa dépressurisation. Ce test fait partie des répétitions de procédures dans le cadre de la préparation à la mission STS-114. Le même jour, ainsi que le lendemain, les réservoirs de Progress M-52 sont utilisés pour augmenter la pression en oxygène de l'atmosphère de la station. Le 20 mai, les cosmonautes effectuent des essais d'allumage de deux SFOG (Solid Fuel Oxygen Generator).

Les SFOG sont des cartouches russes permettant de produire 600 litres d'oxygène. Leur combustion prend une vingtaine de minutes; après le test du 20 mai, 82 SFOG sont encore disponibles à bord. A partir du 23 mai, KRIKALIOV et PHILLIPS allument deux cartouches par jour. Un tel rythme est devenu nécessaire pour maintenir une atmosphère suffisamment riche en oxygène car les réservoirs de Progress M-52 sont maintenant vides.

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