En juin 2002, John PHILLIPS, Sergueï KRIKALIOV et Sergueï VOLKOV sont nommés pour former l'équipage de réserve de la mission MKS-7. Le Dr. PHILLIPS se voit également confier le poste d'ingénieur de bord de l'équipage principal de la mission MKS-10. Mais la perte de Columbia va perturber tout ces projets. Les équipages sont réduits à deux personnes jusqu'à ce que la navette américaine reprenne du service, et KRIKALIOV, PHILLIPS et VOLKOV sont remplacés par KALIERI et FOALE.

A la place, les trois hommes forment l'équipage principale de la prochaine mission qui décollera à bord de la navette américaine (comme la date du retour en vol n'est pas encore fixée, cette mission ne reçoit pas de numéro pour l'instant).

Mais plus le temps passe, et plus il devient évident que la navette ne pourra pas revoler avant très longtemps. Il est donc décidé de donner la mission MKS-11 à la paire KRIKALIOV-PHILLIPS. Sergueï VOLKOV, quant à lui, sera assigné à un vol ultérieur.

Le 23 novembre 2004, la NASA annonce officiellement que ce sont KRIKALIOV et PHILLIPS qui mèneront à bien la onzième mission. Ils décolleront à bord du vaisseau Soyouz TMA-6 en avril 2005 et prendront la relève de Leroy CHIAO et du colonel Salizhan CHARIPOV, qui seront à bord de la station depuis le mois d'octobre 2004 (mission MKS-10). C'est Mikhaïl TIOURINE et Daniel TANI qui sont nommés suppléants de KRIKALIOV et PHILLIPS.

Reste encore à désigner un troisième homme pour occuper la place libre dans le vaisseau Soyouz TMA. Dès le mois d'août 2004, on apprend auprès de l'Agence Spatiale Européenne (ESA) que les négociations en vue d'un vol italien vont bon train. Et en effet, le 4 novembre 2004, on apprend de sources russes que le major Roberto VITTORI, de l'armée de l'air italienne, est sélectionné pour mener à bien la huitième mission de visite (EP-8), dénommée Enéide.

De manière inhabituelle, le suppléant de VITTORI est un cosmonaute qui n'est pas issu d'un pays membre de l'ESA; il s'agit Robert THIRSK, de l'Agence Spatiale Canadienne.

La date de lancement est fixée : KRIKALIOV, PHILLIPS et VITTORI décolleront de Baïkonour le 15 avril 2005.

En Russie, les préparatifs s'intensifient. Le 12 février 2005, le vaisseau Soyouz TMA-6 arrive à Baïkonour et est installé dans le MIK. Les 2 et 3 mars, KRIKALIOV, PHILLIPS, TIOURINE et TANI se rendent au siège de la RKK Energuia, à Koroliov près de Moscou, pour y suivre des séances d'entraînement à la manipulation des expériences Matriochka et RadioSkaf. Ensuite, le 4 mars, c'est au tour de VITTORI et THIRSK de s'exercer chez la RKK Energuia, cette fois à l'emploi de certains appareils photo, caméras vidéos et postes de radioamateur. Suite à cela, les équipages retournent au TsPK pour y poursuivre leur entraînement. Le 16 mars, les ingénieurs en poste au cosmodrome de Baïkonour commencent la préparation finale du Soyouz TMA-6.

Dans le courant du mois de mars 2005, on apprend que le cosmonaute européen d'origine allemande Thomas REITER va effectuer le premier vol de longue durée européen à bord de la station. Il décollera en juillet à bord d'Atlantis STS-121, le deuxième vol de navette après la perte de Columbia. Après le départ d'Atlantis il restera à bord de la station en tant que troisième membre de l'équipage MKS-11.

Pendant que les officiels négocient les modalités du vol de REITER, l'équipage MKS-11 continue de se préparer alors qu'il voit la date du lancement se rapprocher. Le 3 avril, les six cosmonautes prennent l'avion pour Baïkonour. Dès le lendemain, ils procèdent à la vérification de leurs scaphandres Sokol-KV-2 et de leurs sièges personnalisés. Ils répondent aussi à quelques questions des journalistes, puis sont transportés jusqu'au MIK, où ils peuvent voir pour la première fois leur vaisseau Soyouz TMA-6.

Ils reprennent ensuite l'avion pour le TsPK. Plus tard dans la journée, les directeurs techniques se réunissent et décident de procéder au remplissage des réservoirs du vaisseau. Le Soyouz est alors emmené en train jusqu'à la station de remplissage. L'opération intervient dès le lendemain (5 avril). Le 6 avril, le vaisseau est ramené au MIK pour y poursuivre sa préparation. Le 7 avril, il est arrimé à la pièce de jonction du lanceur. Le 8 avril, les ingénieurs de la RKK Energuia procèdent à son inspection générale et autorisent la mise en place de la coiffe du lanceur.

Le 9 avril, les équipages arrivent en avion sur le cosmodrome de Baïkonour. Dès le lendemain, ils inspectent leur vaisseau dans le MIK. Le 11 avril, le Soyouz TMA-6 est transporté par voie ferrée vers la zone n°112 pour y être intégré au lanceur. Le 12 avril, jour de la Cosmonautique, les différents éléments du lanceur sont assemblés. Le 13 avril, le lanceur est emmené sur le pas de tir n°5.

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