Le réseau GLONASS est dirigé depuis le Centre de Contrôle du Système (TsUS, Tsientr Upravliena Sistema) situé dans la ville de Krasnoznamiensk (également appelée Golitsino-2). Ce centre, qui dépend directement du GITsIU KS (quartier général des Forces Spatiales), a été inauguré le 2 juin 1982. En mai 1997, son commandant était le colonel Sergueï SKORBILINE.

En plus du TsUS, plusieurs stations de contrôle sont réparties sur tout le territoire russe afin d'assurer une durée de visibilité maximale des satellites. Il existe deux types de stations : les Complexes Détachés de Mesure et de Commande (OKIK, Otdielnikh Komandno-Izmieritielnikh Kompleks) et les Stations de Mesures Optiques (KOIP, Kvantovo-Optitcheskii Izmieritielnii Pounkt).