Le lanceur Proton ne peut être lancé que depuis le cosmodrome de Baïkonour, où plusieurs zones lui sont dédiées.

Zone 31

Elle abrite plusieurs installations :

MIK-40

C'est ici que les parties hautes des lanceurs Proton-K sont assemblées. On y arrime les charges utiles avec leur interface lanceur, ainsi qu'un éventuel quatrième étage (Bloc-DM ou Briz-M).

MIK-44

Les charges utiles et les quatrièmes étages y sont remplis en ergols.

Station 11G12

C'est une station de remplissage pour les ergols à haute pression des étages Briz-M. Elle est aussi utilisée par les vaisseaux Soyouz et Progress.

Zone 92

Elle rassemble une zone technique et une zone résidentielle et administrative. La zone technique abrite :

MIK-92A-50
 
Ce bâtiment n'est aujourd'hui utilisé que pour les Proton-M. La charge utile y est testée, remplie en ergols, arrimée à l'interface lanceur et à l'étage Briz-M. Elle est ensuite emmenée dans une autre salle où elle est intégrée au lanceur. C'est également dans cette salle que les trois premiers étages du lanceur sont assemblés.

Station de remplissage Briz-M
 
Les réservoirs du Briz-M y sont remplis en ergols à basse pression. Cette station est située à environ 70m du MIK-92A-50.

MIK-1
 
Ce fut le premier MIK construit pour le lanceur Proton, mais aujourd'hui il n'est utilisé que pour les Proton-K. C'est ici que les trois premiers étages sont assemblés. Ensuite, la partie haute (KGTch, prononcé "kaguétcha") est amenée par chemin de fer et est à son tour intégrée au lanceur.

Zones 81 et 200

Elles disposent chacune de deux pas de tir et fonctionnent tout à fait indépendamment l'une de l'autre. Dans chaque zone, les deux pas de tir sont distants de 600m. Chaque zone possède une tour de service mobile. D'une hauteur de plus de 77m, elles permettent d'accéder à tous les niveaux du lanceur et à la charge utile et disposent de deux ascenseurs chacune.

Zone 81
 
Elle comprend le pas de tir n°23 et le pas de tir n°24. Elle appartenait aux Forces Spatiales, mais a été transférée sous la responsabilité de Roskosmos le 31 décembre 2005. Au début des années 1970, les deux pas de tirs avaient reçu des modifications dans le cadre du programme de moteur RD-301 à fluor/ammoniac, mais les travaux avaient été arrêtés en cours de route en 1976.

Le pas de tir n°24 fut le premier à être utilisé. C'est lui qui a servi pour les tout premiers lancement de Proton en 1965-1966. Il a ensuite subi une grande rénovation de 1978 à 1999.

Le pas de tir n°23 a été introduit pour Proton-K dès 1967 et a été rénové entre 1979 et 1989. Il n'a jamais été modifié pour Proton-M, et le dernier lancement qu'il a accueilli est celui du 26 décembre 2004. Il n'y en aura pas d'autre.
 
Le contrôle des lancements est effectué depuis un bunker appelé salle n°250, situé à environ 1,3km du pas de tir n°24.

Zone n°200
 
Elle appartient à l'Agence Spatiale Fédérale (Roskosmos) depuis 1998 et comprend les pas de tir n°39 et n°40.

Le pas de tir n°40 est en rénovation depuis le mois de mars 1991. En 2004, il avait été envisagé de le modifier pour qu'il puisse accueillir le nouveau lanceur Angara, mais l'idée a été abandonnée (c'est la zone n°250 du programme Bourane qui sera utilisée à la place). Jusqu'en 2003, le pas de tir n°39 était réservé aux lancements militaires, mais à la fin de l'année il a acquis la capacité de lancer des fusées équipées du Briz-M et est aujourd'hui exploité par ILS.
 
Le contrôle des lancements est effectué depuis un bunker appelé salle 246, situé à environ 1,5km du pas de tir n°39.