Quelques mois plus tard, en juillet, ELTSINE demande la création d'une seconde entité, militaire celle fois. C'est ainsi qu'en août 1992 naissent les Forces Militaires Spatiales, ou VKS (Военно-космические силы).

Elles reprennent beaucoup de la structure de l'UNKS et le général Vladimir IVANOV en conserve le commandement. Des accords sont signés avec les ex-Républiques soviétiques concernant la mise à disposition des moyens situés en dehors du territoire russe.

Ainsi, les VKS possèdent les cosmodromes de Baïkonour et de Plesetsk, le TsNII-50, l'Académie Mozhaïsk et l'intégralité des satellites russes en orbite autour de la Terre. Ces derniers constituent le "groupement orbital".

Mais les temps sont extrêmement durs en Russie, et la crise économique n'épargne pas l'armée, loin de là. Les VKS n'obtiennent pour 1995 que la moitié du budget qu'elles ont demandé. Début 1996, elles comptent 12 000 hommes répartis sur ses différents sites. Le personnel des stations de poursuite est diminué de 12% et le nombre de lancements annuel de 25%. Pour cette année 1996, seuls 8% du budget de recherche et développement a été effectivement reçu. De même, 6% du budget de construction et 20% du budget d'équipement ont été réellement versés.

C'est justement en 1996 qu'a lieu la deuxième élection présidentielle de l'Histoire de la Fédération de Russie. Le Président Boris ELTSINE est candidat à sa propre succession et obtient 35,3% des suffrages au premier tour, suivi de peu (32%) par le communiste ZIOUGANOV.

Pour remporter la victoire, il doit s'allier avec le troisième candidat, le général Aleksandr LEBED. Afin de sceller son alliance avec ce dernier, il le nomme au poste de Secrétaire du Conseil de Sécurité. Cette stratégie s'avérera être la bonne, et ELTSINE conserve sa place au Kremlin.

Mais LEBED a sa propre idée des réformes à mener au sein des Forces armées et il s'arrange pour faire renvoyer le Ministre de la Défense Pavel GRATCHIOV avec lequel il ne s'entend pas du tout.

Le remplaçant de GRATCHIOV est le général Igor RODIONOV. Peu de temps après son arrivée au Ministère, il élabore un plan décennal de réforme de l'armée visant à en réduire la taille. Des rumeurs commencent à se faire entendre selon lesquelles les VKS pourraient être intégrées aux RVSN, revenant ainsi à la situation d'avant 1982.

Ces bruits de couloirs s'amplifient grandement quand, le 2 octobre 1996, le général IVANOV est renvoyé de son poste de commandant des VKS et qu'il n'est pas remplacé.

Et effectivement, en 1997, les Forces Militaires Spatiales sont intégrées aux Forces de Fusées Stratégiques. La raison officielle de cette décision est d'augmenter l'efficacité des troupes en les plaçant sous un commandement centralisé, mais il est évident que la motivation réelle est avant tout économique.